在酸性水解條件下TBDPS保護基比TBDMS更加穩定（約 100 倍），而TBDPS保護基對堿的穩定性比TBDMS要差。另外，由于該保護基的分子量較大，容易使底物固化而易于分離，TBDPS保護基對許多與TBDMS保護基不相容的試劑顯出比TBDMS基團更好的穩定性。TBDMS基團在酸性條件下不易遷移。TBDPS醚對K2CO3 /CH3OH，對 9M 氨水、60℃、2h；對MeONa（cat.）/CH3OH、25℃、24h均穩定。該醚對 80%乙酸穩定，后者可用于脫除醚中TBDMS，三苯甲基，四氫吡喃保護基也對HBr /AcOH，12℃，2min；對 25%~75%甲酸，25℃，2h~6h；以及 50%三氟乙酸，25℃，15min穩定。 

通過 TBDPSCl 進行羥基的叔丁基二甲基硅醚保護示例

    To a solution of 1,4-butanediol (5 g, 55 mmol) in CH2Cl2 (10 mL) containing i-Pr2NEt (10 mL) was added t-BDPSiCl (5 mL, 18 mmol) dropwise under N2 at 22-24oC. The solution was stirred at 22-24oC for 2 h, concentrated in vacuo and chromatographed, eluting with 

hexanes/ethyl acetate (10:1) to 2 (clear oil, 5.6 g, 95%).